Para la Comisión Europea una buena definición de integridad del lugar es la siguiente:

«coherencia de la estructura y función ecológicas del lugar en toda su superficie, o los hábitats, complejos de hábitats o poblaciones de especies que han motivado o motivarán su declaración» .

Por esta definición se decanta el "Manual" de la Comisión, indicando que un espacio presentará un alto grado de integridad "si realiza el potencial inherente para cumplir los objetivos de conservación de ese lugar, si conserva su capacidad de autorregeneración, y autorrenovación en condiciones dinámicas y si necesita un apoyo de gestión exterior mínimo".

En definitiva, la integridad de un lugar se refiere a sus funciones ecológicas. La decisión sobre si el lugar está o no afectado negativamente debe tomarse centrándose en los objetivos de conservación de ese espacio, y limitándose a ellos.

El "Manual" aclara en este punto que la expresión "nacional" se ha utilizado para marcar la diferencia con los términos "comunitario" e "internacional": se refiere, por tanto, a las autoridades de la administración central, y a las autoridades de las administraciones regionales, provinciales y locales que son competentes para autorizar un plan o proyecto.

Indica el "Manual" que también "un tribunal puede ser una autoridad competente si está facultado para tomar una decisión sobre los fundamentos de un plan o proyecto propuesto para los fines del apartado 3 deL artículo 6". Esta precisión ha sido corroborada por el TJCE en su Sentencia de 7 de septiembre de 2004, en donde ha declarado que:

• La obligación de los Estados de adoptar todas las medidas necesarias para alcanzar el resultado prescrito por una directiva es una obligación imperativa impuesta por el art. 249.3 del tratado de la CE y por la propia directiva. Esta obligación de adoptar todas las medidas generales o particulares se impone a todas las autoridades de los Estados Miembros, con inclusión, en el marco de sus competencias, de las autoridades judiciales.
  
  

Por ello:

• "Un órgano jurisdiccional nacional, cuando debe verificar la legalidad de una autorización concedida para un plan o proyecto, en el sentido del art. 6.3 de la directiva Hábitats, puede controlar si se han respetado los límites del margen de apreciación de las autoridades nacionales competentes fijados por esta disposición, incluso aunque el ordenamiento jurídico del estado miembro afectado no haya sido adaptado a ésta pese a la expiración del plazo fijado al efecto"

Obligación de no autorizar si las conclusiones de la evaluación son negativas:

Existen dos Sentencias del TJCE directamente relacionadas con la obligación de no autorizar y la posible discrecionalidad de las autoridades a la hora de cumplirla.

• (8)Sentencia de 6 de abril de 2000 (Asunto C - 256/98). Comisión - República francesa. : No incorporación del artículo 6.
• Sentencia de 7 de septiembre de 2004 (asunto C- 127/02). Cuestión prejudicial. Conceptos de "plan" y "proyecto" del artículo 6.3. Relación artículo 6.2 y artículo 6.3.
  
  

En ellas el Tribunal ha declarado:

• Que la legislación nacional debe permitir a las autoridades, en todos los casos, denegar una autorización basándose en la conclusiones negativas de la evaluación (Sentencia de 6 de abril de 2000 (Francia).
• Que las autoridades competentes sólo podrán autorizar un plan o proyecto si, a la vista de la evaluación y teniendo en cuanta los objetivos de conservación del lugar de que se trate, tienen la certeza de que no producirá efectos perjudiciales para la integridad del lugar. Así sucede cuando no existe ninguna duda razonable, desde un punto de vista científico, sobre la inexistencia de tales efectos. (Sentencia de 7 de septiembre de 2004. Cuestión prejudicial).
  
  

Asimismo, el TJCE en su Sentencia de 29 de enero de 2004 (23) [Comisión Austria. EIA en ZEPA para Guión de codornices] relativa a una autorización de ampliación de un campo de golf que afectaba al guión de codornices estimó que las autoridades no debían de haber aprobado el proyecto, dado que "carecían de fundamento para considerar que el mencionado proyecto no podía perturbar de manera apreciable a la población del guión de codornices". En este caso la ZEPA afectada era la única en la que podía reproducirse la mencionada especie y existían dictámenes que indicaban la afección a la misma.