En el año 1999 se dictó el Reglamento nº 1257/1999 sobre la ayuda al desarrollo rural a cargo del Fondo Europeo de Orientación y de Garantía Agrícola (FEOGA), que fue posteriormente desarrollado por el Reglamento nº 1750/1999.

En el año 2003, cuando se aprobó la reforma de la PAC, además de establecerse como obligatoria la ecocondicionalidad para las ayudas directas del "Primer pilar", se incidió también en las medidas dedicadas al Desarrollo Rural. Para ello se modificó el Reglamento nº 1257/1999 a través del Reglamento nº1783/2003.

En ellos se recogieron LOS SIGUIENTES TIPOS DE AYUDAS:

• Inversiones en las explotaciones agrarias
• Instalación de jóvenes agricultores
• Formación
• Cese anticipado de la actividad agraria
• Zonas desfavorecidas y zonas con limitaciones medioambientales específicas
• Medidas agroambientales y de bienestar
• Mejora de la transformación y Comercialización de productos Agrícolas
• Silvicultura
• Fomento de la adaptación y desarrollo de las zonas rurales
• Ayudas para lograr la calidad agroalimentaria.
• Ayudas para el "cumplimiento de las normas", también llamados "ayudas para el respeto de la normativa", dirigidas a facilitar a los agricultores su adaptación a las exigencias establecidas en las normas de medio ambiente, salud pública, sanidad animal y fitosanidad, bienestar animal y seguridad en el trabajo.

El Reglamento nº 1783/2003 también realizó otras reformas. Entre otras, y a los efectos que nos interesan, modifica el artículo 16, relativo a las ayudas para "zonas con limitaciones ambientales específicas". La ambigua y genérica redacción de este artículo se modifica para indicar expresamente que estas "zonas con limitaciones ambientales específicas" son las zonas en las hay que aplicar las Directivas de Aves y Hábitats, es decir, zonas agrícolas coincidentes con zonas y lugares de la Red Natura 2000.

Así pues, la reforma del año 2003 sobre el pilar de "desarrollo rural" - es decir, el Reglamento nº 1783/2003 - incidió explícitamente en la financiación de las zonas agrarias de la Red Natura 2000. Se permitía a los Estados que financiaran medidas relacionadas con Red Natura 2000 en el sector agrícola optando por alguna de las siguientes soluciones:

• Utilizando el artículo 16 y las ayudas dirigidas a las "zonas con limitaciones ambientales específicas".
• Recurriendo a las nuevas ayudas para lograr el "cumplimiento de las normas" ("respeto de la normativa"), previstas en el artículo 21 bis y siguientes.

Las ayudas para las zonas con limitaciones ambientales específicas: Red Natura 2000.

El artículo 16 del Reglamento - en su versión reformada de 2003 - indicaba que se podría compensar a los agricultores por los costes y las perdidas de renta resultantes de las limitaciones de utilización agrícola en zonas con restricciones derivadas de la aplicación de las directivas de aves y hábitats siempre que dichos pagos sean necesarios para solucionar programas específicos emanados de la aplicación de ambas directivas.

El importe máximo de las ayudas según el anexo del reglamento era de 200 euros por hectárea, permitiéndose un pago máximo inicial de 500 euros por hectárea.

Las ayudas para el respeto de la normativa.

Introducidas ex novo en el año 2003, se regularon en el Art. 21 bis del Reglamento de desarrollo rural. Su objetivo es lograr el cumplimiento, entre otras, de la normas de medio ambiente, así como lograr una aplicación más rápida de las mismas por parte de los Estados Miembros. Entre esas normas de medio ambiente se incluyen las Directivas de Aves y Hábitats.

Las ayudas también perseguían que los agricultores pueden acceder a servicios de asesoramiento.

No obstante, otras ayudas previstas en el reglamento también podían servir para financiar la Red Natura 2000: las dirigidas a las "medidas agroambientales", las dirigidas a la "selvicultura" y las relativas a la "formación". De hecho, las ayudas agroambientales venían siendo ya desde 1992 las ayudas que más se han vinculado con la conservación de l naturaleza y la Red Natura 2000.

Se encuentra regulado en el Reglamento nº 1698/2005 relativo a la ayuda al desarrollo rural a través del Fondo Europeo Agrícola de Desarrollo Rural (FEADER).

Con un presupuesto mínimo de 69.750 millones de euros (a los que hay que sumar los transferidos desde la sección de garantía del FEOGA) se dirige a promocionar un desarrollo rural sostenible en toda la Comunidad como complemento a las políticas de apoyo al mercado y a los ingresos aplicadas en el marco de la PAC, la política regional y la política pesquera común.

El Reglamento nº 1698/2005, que integra la iniciativa LEADER, se dirige a:

• Aumentar la competitividad de la agricultura y la silvicultura (mediante la ayuda a la reestructuración, el desarrollo y la innovación)
• Mejorar el medio ambiente y el medio rural, mediante ayudas a la gestión de las tierras
• Mejorar la calidad de vida en las zonas rurales y fomentar la diversificación de las actividades económicas en ellas.

Para ello, ha establecido cuatro ejes de acción prioritaria para el desarrollo rural:

• EJE 1: Mejora de la competitividad de la agricultura y la silvicultura a través de la ayuda a la reestructuración.
• EJE 2: Mejora del medio ambiente y del espacio rural a través de la ayuda a la gestión territorial
• EJE 3: mejora de la calidad de vida en las zonas rurales y fomento de la diversificación de las actividades económicas.
• Eje 4: Enfoque Leader

En este contexto, aparecen ayudas específicamente dirigidas a la Red

Natura 2000 en el Eje 2. Estas ayudas son las siguientes.

Las Directrices estratégicas comunitarias - previstas en el art 9 del reglamento - para el periodo 2007-2013 ya han sido aprobadas. En estas directrices se han fijado las áreas de intervención en las que es necesario actuar para alcanzar las prioridades de la Comunidad.

Respecto del Eje 2.[Mejora del medio ambiente y del entorno natural], las directrices indican claramente que sus medidas deben ir dirigidas, entre otras cosas, a contribuir a la "realización de la red agraria y forestal de Natura 2000".

Cada Estado deben elaborar su "Plan Estratégico Nacional" de desarrollo rural, y posteriormente los "Programas de Desarrollo rural" que lo aplicarán. Respecto de los Programas, los Estados pueden optar por presentar un programa único para su territorio, o bien un conjunto de programas regionales. El reglamento permite que los Estados que opten por la presentación de Programas regionales, también presenten un Marco nacional que contenga elementos comunes para dichos programas.