A diferencia de la Directiva Hábitats, la Directiva de Aves Silvestres no diseñó un procedimiento de selección de ZEPA reglado en el que la Comisión pudiera participar, opinar y pactar con los Estados los lugares que debía de incorporarse  al Red. Esto no es extraño si tenemos en cuenta que la Directiva de Aves Silvestres fue el primer ensayo a nivel europeo de constitución de una Red de protección de la biodiversidad y que fue realizado en el año 1979.

Así pues, la Directiva de Aves tan sólo establece la obligación de declarar ZEPA y la obligación de comunicar su declaración  a la Comisión. Los Estados interpretaron estas obligaciones con evidente laxitud (como si fueran obligaciones impuestas por un Convenio Internacional, que suelen dejar un mayor margen de discrecionalidad). La Comisión se vio, por tanto, forzada a iniciar procedimientos de infracción contra algunos de ellos por no haber declarado como ZEPA lugares que merecían serlo y por no haberles otorgado la protección que merecían (por ejemplo, contra España por el caso de las Marismas de Santoña). De las Sentencias del Tribunal de Luxemburgo (TJCE) habidas en la materia podemos distinguir dos tipos de ZEPA:

• Las ZEPA efectivamente declaradas
• Las ZEPA Virtuales

Las ZEPA efectivamente declaradas, son aquellas que los Estados han clasificado o designado expresamente como tales y que han sido comunicadas a la Comisión Europea. A partir de ahora se las denominará simplemente ZEPA. Su régimen de protección es claramente el establecido en las Directivas de Aves (artículo 4,apartados 1 y 2) y Hábitats (Art. 6, apartados 2, 3 y 4).

Las ZEPA VIRTUALES son aquellas zonas que reúnen criterios para ser ZEPA, pero que no han sido designadas como tales por los Estados. Cuando tengamos que referirnos a ellas las llamaremos ZEPA VIRTUALES. Según el Tribunal de Justicia de las Comunidades Europeas (TJCE) hay que tratarlas como si fueran ZEPA declaradas, pero otorgándoles el régimen de protección que para ellas establece la Directiva de Aves Silvestres (artículo 4, apartados 1, 2 y 4). Es decir, según el Tribunal a estas ZEPA Virtuales no les es de aplicación el régimen establecido en la Directiva Hábitats.