En lo que atañe a la política de mercados y renta (primer pilar de la PAC), el instrumento clave es la "ecocondicionalidad", instaurada por el Reglamento (CE) nº 1782/2003 del Consejo y el Reglamento (CE) nº 796/2004 de la Comisión .

En virtud de los mismos, a partir de 2005, todos los agricultores que perciban ayudas directas estarán sometidos a una ecocondicionalidad obligatoria que consiste en la obligación de:

• Cumplir los "REQUISITOS LEGALES DE GESTIÓN" derivados de las normas ambientales que se expresamente se listan, entre ellas (Artículos 3 y 4 y anexo III del Reglamento nº 1782/2003):
  • La Directiva de Aves Silvestres: artículos 3, 4 (apartados 1, 2 y 4), 5, 7 y 8.
  • La Directiva Hábitats: artículos 6, 13, 15 y 22,b.
• Cumplir los requisitos de las "BUENAS PRACTICAS AGRARIAS Y AMBIENTALES" que los Estados establezcan (artículos 3 y 5, y anexo IV del Reglamento nº 1782/2003).

La inclusión como "requisito legal de gestión" del cumplimiento de la Directiva de Aves silvestres (artículo 4, apartados 1, 2 y 4) y del artículo 6 de la Directiva Hábitats, implica que los agricultores que tengan tierras en zonas de la Red Natura 2000, deberán cumplir con las obligaciones que éstas les imponen - directa o indirectamente -. Tendrán, por tanto, que

• Adecuar sus practicas agrícolas a lo establecido en las "medidas de conservación" que se establezcan (ya se trate de medidas reglamentarias, administrativas o contractuales, o de planes de gestión)
• Evitar la contaminación o el deterioro de los hábitats y la alteración de las especies que motivaron la designación de las zonas Red Natura.
• Someter a evaluación de impacto ambiental todo proyecto agrícola que pueda afectar a la integridad de las zona Red natura 2000.

El Reglamento nº 1782/2003 prevé que los agricultores sean sancionados en caso de incumplimiento de los requisitos legales de gestión o de las buenas practicas agrarias y ambientales que los Estados establezcan, mediante una reducción parcial o total de las ayudas directas (artículos 6 y siguientes).

Por otra parte, se encomienda a los Estados que lleven a cabo controles sobre el terreno a fin de verificar el cumplimiento de los requisitos legales y las buenas practicas. (art. 25 del Reglamento).

Para el periodo 2006-2013 no está prevista la sustitución del Reglamento nº 1782/2003. Así pues, los agricultores que perciban ayudas directas en el marco del primer pilar de la PAC seguirán estando sometidos al cumplimiento de la Ecocondicionalidad.

Es más, para este periodo, la Ecocondicionalidad se ha extendido también a determinadas ayudas que se perciban en el marco del segundo pilar de la PAC: el desarrollo rural.

En efecto, el reciente Reglamento nº 1698/2005 por el que se crea el Fondo Europeo Agrícola de Desarrollo Rural, prevé en su artículo 51 una reducción o anulación en ciertas ayudas cuando los beneficiarios no cumplan en toda la explotación, por acción u omisión, los requisitos de la Ecocondicionalidad establecidos en el Reglamento nº 1782/2003.

Las ayudas de desarrollo rural que se ven obligadas a cumplir con la ecocondicionalidad - y que pueden por tanto ser objeto de reducciones o anulaciones en caso de incumplimiento - están todas incardinadas en el Segundo Eje (Mejora del medio ambiente y del entorno rural) y son las siguientes:

• Ayudas para indemnizar a los agricultores por las dificultades naturales de las zonas de montaña.
• Ayudas para indemnizar a los agricultores por las dificultades en zonas distintas a las anteriores
• Ayudas Natura 2000 y ayudas relacionadas con la Directiva Marco del agua en tierras agrícolas
• Ayudas agroambientales
• Ayudas relativas al bienestar de los animales
• Ayudas a la primera forestación de tierras agrícolas
• Ayudas Natura 2000 en tierras forestalesç
• Ayudas a favor del medio forestal.

La reducción o anulación de estas ayudas por incumplimiento de la ecocondicionalidad no tendrá lugar si se ha establecido para los agricultores un "periodo de gracia" para cumplir con las normas implicadas (dichos periodos de gracia, nunca podrán ser superiores a 36 meses a partir de la fecha en que las normas sean de obligatorio cumplimiento para la explotación).