Viene recogido en el artículo 6, apartados 3 y 4 de la Directiva Hábitats, cuya dicción es la siguiente:

DIRECTIVA HABITATS. ART. 6.3 Y 6.4

3. Cualquier plan o proyecto que, sin tener relación directa con la gestión del lugar o sin ser necesario para la misma, pueda afectar de forma apreciable a los citados lugares, ya sea individualmente o en combinación con otros planes y proyectos, se someterá a una adecuada evaluación de sus repercusiones en el lugar, teniendo en cuenta los objetivos de conservación de dicho lugar. A la vista de las conclusiones de la evaluación de las repercusiones en el lugar y supeditado a lo dispuesto en el apartado 4, las autoridades nacionales competentes sólo se declararán de acuerdo con dicho plan o proyecto tras haberse asegurado de que no causará perjuicio a la integridad del lugar en cuestión y, si procede, tras haberlo sometido a información pública.

4. Si, a pesar de las conclusiones negativas de la evaluación de las repercusiones sobre el lugar y a falta de soluciones alternativas, debiera realizarse un plan o proyecto por razones imperiosas de interés público de primer orden, incluidas razones de índole social o económica, el Estado miembro tomará cuantas medidas compensatorias sean necesarias para garantizar que la coherencia global de Natura 2000 quede protegida. Dicho Estado miembro informará a la Comisión de las medidas compensatorias que haya adoptado.

En caso de que el lugar considerado albergue un tipo de hábitat natural y/o una especie prioritarios, únicamente se podrán alegar consideraciones relacionadas con la salud humana y la seguridad pública, o relativas a consecuencias positivas de primordial importancia para el medio ambiente, o bien, previa consulta a la Comisión, otras razones imperiosas de interés público de primer orden."

En esencia, lo que la Directiva Hábitats viene a imponer es la obligación de que se evalúen previamente los planes y proyectos que puedan afectar a zonas de la Red Natura 2000. Si de resultas de la evaluación resulta que habrá "afección a la integridad" de las mismas, el plan o proyecto no podrá ser aprobado, a no ser que no haya soluciones alternativas satisfactorias y sea necesario llevarlos a cabo por razones "imperiosas de interés publico de primer orden". En este caso, en el caso de aprobación excepcional, será necesario establecer todas las "medidas compensatorias" que sean necesarias para garantizar la coherencia de la Red.

Este régimen especial de evaluación y autorización de planes o proyectos, es una novedad introducida por la Directiva Hábitats (no había nada similar en la Directiva de Aves Silvestres). Para su diseño e introducción el legislador comunitario se inspiró en la famosa Sentencia de 28 de febrero de 1991 (Leybutch) del TJCE, sobre la construcción de unos diques en una ZEPA, que aplicaba el art 4.4 de la Directiva de Aves Silvestres.

Esta Sentencia vino a indicar que la "obligación de no deterioro de los hábitats" presentes en las ZEPA - prevista en la Directiva de aves silvestres " implicaba la imposibilidad de realizar proyectos que ocasionaran una reducción fáctica de las superficies útiles de las ZEPA, en las que el interés ecológico era siempre prevalente. Ahora bien, este interés ornitológico podría llegar a decaer ante determinadas razones o intereses que podrían considerarse de mayor importancia, por ejemplo, la salud humana o la defensa de la costa. El Tribunal consideró que entre esas razones no se encontraban los intereses sociales y económicos (como era el concreto de acceso de buques al puesto pesquero), pero como en el caso concreto se había compensado la perdida de hábitats con la creación de otras superficies útiles para las aves, entonces la construcción de los diques era válida.

Así pues, a la hora de establecer en la Directiva Hábitats el nuevo régimen de protección de las zonas de la Red Natura, el legislador comunitario decidió "desdoblar" la obligación de no deterioro de los hábitats prevista en la Directiva de Aves Silvestres. Configuró dicha obligación como segundo pilar de protección " haciéndola una obligación genérica -, y plasmó la doctrina de la Sentencia Leybutch como tercer pilar de protección, creando e institucionalizando ese régimen especial de evaluación y autorización, que presenta en la Directiva algunas variantes respecto de la Sentencia. Así:

• La obligación de evaluar se introduce ex novo.
• Se introduce de manera expresa la obligación de no autorizar el plan o proyecto si va a afectar a la Red Natura 2000.
• Se introduce como primer requisito para levantar esa obligación la "Inexistencia de soluciones alternativas".
• Las razones de índole social y económica se equiparan, en general, con las de salud humana y seguridad publica, como motivos excepcionales admisibles (salvo cuando existan en la zona especies y hábitats "prioritarios")
• Las necesidad de medidas compensatorias se generaliza (es decir , también deben llevarse a cabo cuando sean razones de salud humana y seguridad publica las que amparen los planes y proyectos).
  
  

En cualquier caso, hay que tener claro que la Directiva de Hábitats - en su Art. 6, apartados 3 y 4 - establece un procedimiento por etapas con respecto al examen de planes y proyectos. Tal y como explicita el "Manual GN2000", :

• La primera etapa consiste en una EVALUACIÓN y está regulada por la primera frase del apartado 3 del artículo 6.
• La segunda etapa se refiere a la DECISIÓN de las autoridades nacionales competentes y se rige por la segunda frase del apartado 3 del artículo 6.
• La tercera etapa (prevista en el apartado 4 del artículo 6) se activa si, pese a una evaluación negativa, se PROPONE NO RECHAZAR un plan o proyecto sino seguir estudiándolo.
  
  

El "Manual GN2000" sigue explicitando que "cada etapa está condicionada por la anterior" y que, en lo que tiene que ver con el alcance geográfico, "las disposiciones relativas a la necesidad de realizar una evaluación no se limitan sólo a planes y proyectos que se realizan en un espacio protegido sino también a los que, pese a estar situados fuera, pueden tener un impacto apreciable sobre él".

En el anexo III del "Manual GN2000" pueden verse de manera esquemática las diferentes etapas.